L’UMR 7206 "Éco-Anthropologie" est une unité mixte de recherche (UMR) du Centre national de la recherche scientifique (CNRS), du Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) et de l’Université de Paris.
AUSTERLITZ Frédéric
AUSTERLITZ Frédéric
Directeur de Recherche
Entité de rattachement
UMR 7206 - Anthropologie Génétique (AGène)
Thème interdisciplinaire de recherche
Génétique des Populations - Modélisation
Recherches
Habilité(e) à diriger des recherches
Spécialité
Génétique des Populations
Contact
Courriel
Téléphone
+33 (0)1.44.05.72.57
Responsabilités dans l'unité
- 2019- Responsable de l'équipe "Anthropologie Génétique"
- 2019- Membre nommé du conseil de l'UMR 7206 Éco-anthropologie,
- 2014-2018 Membre élu du conseil de l'UMR 7206 Éco-anthropologie,
- 2014-2018 Co-Responsable de l'Equipe "Anthropologie Evolutive"
Responsabilités hors unité
Muséum National d'Histoire Naturelle
- 2019- Membre élu suppléant du conseil scientifique du MNHN
- 2018- Co-coordinateur scientifique de la plateforme de calcul intensif et algorithmique (PCIA)
- 2018-2021 Membre élu du conseil du Département "Homme et Environnement"
Autres organismes
- 2011- Membre du conseil scientifique du GDR 3765 "Approche Interdisciplinaire de l'Evolution Moléculaire"
Membre de comités de lecture
- 2023– Journal of Evolutionary Biology (associate editor)
- 2012– Molecular Ecology et Molecular Ecology Resources (associate editor)
- 2009–2012 Journal of Evolutionary Biology (reviewing editor)
Publications majeures
(liste complète de mes publications ci-dessous ou voir ma page Google Scholar)
- Guez J, Achaz G, Bienvenu F, Cury J, Toupance B, Heyer E, Jay F*, Austerlitz F*. (2023). Cultural transmission of reproductive success impacts genomic diversity, coalescent tree topologies and demographic inferences. Genetics 223: iyad007. doi: 10.1093/genetics/iyad007
- Masi S.*, Austerlitz F. *, Chabaud C., Lafosse S., Marchi N., Georges M., Dessarps-Freichey F., Miglietta S., Sotto-Mayor A., San Galli A., Meulman E., Pouydebat E., Krief S., Todd A., Fuh T., Breuer T., Ségurel L. (2021) No evidence for female kin association, indications for extragroup paternity, and sex-biased dispersal patterns in wild western gorillas. Ecology and Evolution 11: 7634-7646 (* = contributions égales). doi:10.1002/ece3.7596
-
Fagny M., Austerlitz F. (2021). Polygenic adaptation: Integrating population genetics and gene regulatory networks. Trends in Genetics 37: 631-638. doi:10.1016/j.tig.2021.03.005
- Jay F, Boitard S, Austerlitz F 2019. An ABC method for whole-genome sequence data: inferring Paleolithic and Neolithic human expansions. Molecular Biology and Evolution 36: 1565-1579. doi: 10.1093/molbev/msz038
-
Thouzeau V, Mennecier P, Verdu P*, Austerlitz F* 2017. Genetic and linguistic histories in Central Asia inferred using approximate Bayesian computations. Proceedings of the Royal Society B-Biological Sciences 284: 20170706. doi: 10.1098/Rspb.2017.0706
- Boitard S., Rodriguez W., Jay F., Mona S., Austerlitz F. (2016) Inferring population size history from large samples of genome wide molecular data - an approximate Bayesian computation approach. PLoS Genetics 12 : e1005877. doi:10.1371/journal.pgen.1005877
- Verdu P., Becker N. S. A., Froment A., Georges M., Grugni V., Quintana-Murci L., Hombert J.-M., Van der Veen L., Le Bomin S., Bahuchet S., Heyer E. & Austerlitz F. (2013) Sociocultural behavior, sex-biased admixture and effective population sizes in Central African Pygmies and non-Pygmies. Molecular Biology and Evolution 30 : 918-937. doi:10.1093/molbev/mss328
-
Palstra, F. P., Heyer, E., & Austerlitz, F. (2015). Statistical inference on genetic data reveals the complex demographic history of human populations in central Asia. Molecular Biology and Evolution, 32(6), 1411-1424. doi:10.1093/molbev/msv030
- Aimé C., Laval G., Patin E., Verdu P., Ségurel L., Chaix R., Hegay T., Quintana-Murci L., Heyer E. & Austerlitz F. (2013) Human genetic data reveal contrasting demographic patterns between sedentary and nomadic populations, predating the emergence of farming. Molecular Biology and Evolution 30 : 2629–2644. doi:10.1093/molbev/mst156
- Fontaine M. C., Snirc A., Frantzis A., Koutrakis E., Ozturk B., Ozturk A. A. & Austerlitz, F. (2012) History of expansion and anthropogenic collapse in a top marine predator of the Black Sea estimated from genetic data. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 109 : E2569-E2576. doi:10.1073/pnas.1201258109
- Austerlitz F.*, Gleiser G.*, Teixeira S. & Bernasconi G. (2012) The effects of inbreeding, genetic dissimilarity and phenotype on male reproductive success in a dioecious plant. Proceedings of the Royal Society B : Biological Sciences 279 : 91-100. doi: 10.1098/rspb.2011.0652
- Blum M. G. B., Heyer E., François O. & Austerlitz F. (2006) Matrilineal fertility inheritance detected in hunter-gatherer populations using the imbalance of gene genealogies. PLoS Genetics 2 : e122. doi: 10.1371/journal.pgen.0020122
- Austerlitz F., Dick C. W., Dutech C., Klein E. K., Oddou-Muratorio S., Smouse P. E. & Sork V. L. (2004) Using genetic markers to estimate the pollen dispersal curve. Molecular Ecology 13 : 937-954. doi: 10.1111/j.1365-294X.2004.02100.x
-
Dick CW, Etchelecu G & Austerlitz F. 2003. Pollen dispersal of tropical trees (Dinizia excelsa: Fabaceae) by native insects and African honeybees in pristine and fragmented Amazonian rainforest. Molecular Ecology 12:753-764. doi:10.1046/j.1365-294X.2003.01760.x
- Austerlitz F. & Heyer E. (1998) Social transmission of reproductive behavior increases frequency of inherited disorders in a young-expanding population. Proceedings of the National Academy of Science of the USA 95 : 15140-15144.
Carrière
- 2012– Directeur de Recherche CNRS Laboratoire Éco-anthropologie, Paris, France.
- 2010–2012 Chargé de Recherche CNRS. Laboratoire Éco-anthropologie, Paris, France.
- 2002–2010 Chargé de Recherche CNRS. Laboratoire Ecologie, Systématique et Evolution, Orsay, France
- 2000–2002 Chercheur en détachement à l'INRA Bordeaux (France).
- 1999–2000 Chercheur postdoctoral. Rutgers University (New Brunswick, NJ, USA). (Superviseur P.E. Smouse). Sujet : “Estimation of instantaneous pollen flow”.
Education
- 2005 Habilitation à Diriger les Recherches. Université Paris-Sud.
- 1995–1999 Thèse à l'Université Paris-Sud (Orsay, France). Subject : “On the impact of demographic processes on genetic diversity”. (Supervisors P.-H. Gouyon and E. Heyer)
- 1994–1995 D.E.A. Biodiversité, Génétique et Evolution. Université Paris-Sud (Orsay, France).
- 1993–1995 Ecole Nationale du Génie Rural des Eaux and Forets (French school for Water, Forests and Environment Engineering)
- 1990–1993 Ecole Polytechnique
Principaux contrats de recherche
- 2022–2025 Sorbonne Center for Artificial Intelligence, Alliance Sorbonne Université. Projet “ Inferring the history of human populations from polymorphism data of ancient and modern genomes by ABC and machine learning methods ” (coordinateur). Financement de la thèse d’Arnaud Quelin.
- 2021–2024 Institut des Sciences du Calcul et des Données, Alliance Sorbonne Université. Projet “Inférence des processus démographiques, culturels et adaptatifs à partir des données genomiques” (coordinateur). Financement de la thèse de Ferdinand Petit.
- 2020–2021. Union Européenne. Bourse Marie-Curie PATTERNS “Detecting polygenic adaptation targeting gene expression regulation in humans using eQTL networks” (coordinateur). Financement du postdoc de Maud Fagny
- 2014–2018 Agence Nationale de la Recherche, contrat AGHRUM « Evaluating mechanisms of genetic adaptation to rapid environmental changes : agriculture and the human model » (parteneraire).
- 2013–2015. Labex BCDiv, contrat « Inferring natural selection from large scale genetic data » (coordinateur).
- 2013–2015. Agence Nationale de la Recherche, contrat Demochips « Inference of demographic history from large DNA polymorphism data » (coordinateur).
- 2008–2011. Agence Nationale de la Recherche, contrat NUTGENEVOL « Deciphering the complex evolution of genes involved in human adaptation to diet » (partenaire).
- 2006–2010. Réseau d'Excellence Européen EVOLTREE (partenaire).
Etudiants en thèse
- Léa Bouteille (co-superviseures: Laure Ségurel and Marianne Elias)
- Jérémy Guez (co-superviseures : Evelyne Heyer and Flora Jay)
- Ferdinand Petit (co-superviseure : Fanny Pouyet)
- Arnaud Quelin (co-superviseure : Flora Jay)
Anciens étudiants en thèse
- Christophe Coste (avec Samuel Pavard)
- Valentin Thouzeau (avec Paul Verdu)
- Carla Aimé
- Jean-Tristan Brandenburg (avec Bruno Toupance)
- Michaël Blum (avec Olivier François)
- Raphaëlle Chaix (avec Evelyne Heyer)
Anciens postdoctorants
Programmes informatiques
- Poldisp : a software package for indirect estimation of contemporary pollen dispersal.
- Mathematica notebooks for the joint estimation of the growth rate and the age of mutations. (ref. : Austerlitz et al 2003 Genetics 165 : 1579-1586)
- PopSizeABC : a package allowing to estimate population size histories from large samples of genome wide SNP data using approximate Bayesian computation (ABC)
- PopLingSim : a program for the simulation of linguistic data.
- DemoSEQ: Inferring demographic history from whole-genome sequence data using summary statistics
Enseignement(s)
Enseignement actuel
2012– La dérive génétique ou le tri aléatoire des variants à travers des processus démographiques. Module « Mécanismes d'évolution ». Ecole doctorale MNHN (4h/an).
2004– Module « Génétique évolutive » pour le Master EBE 1ère année Ecole Normale Supérieure (3 à 9 heures/an). Bases, théorie de la coalescence, mesure de la structuration génétique des populations, avec TPs sur ordinateur. Effectué en anglais. (Responsable du module).
Enseignement passés
2004–2016 Master 2e année Module « Génomique des Populations » (3 à 9 heures/an). Théorie de la coalescence avancée, méthodes d'estimation de paramètres démographiques à partir de données génétiques. Effectué en anglais certaines années. (coorganisateur du module).
2011 Cours et travaux pratiques informatiques « Méthodes pour l'analyse statistique du succès de la reproduction et de la parenté chez les plantes et les animaux ». (12 heures). Université de Neuchâtel, Suisse. Effectué en anglais.
2010–2014 Conférence « Différences génétiques entre humains et chimpanzés ». Master 1ère année au MNHN (2h/an)
2010–2013 Conférence « Bases de la génétique des populations ». Module « Génétique humaine et maladies infectieuses ». Institut Pasteur, Paris. (1,5 heure/an)
2009–2013 Cours magistral « Impact des processus démographiques sur la diversité génétique et la fréquence des maladies génétiques » dispensé en Master 1ère année de Médecine, Université Paris VII (2h/an)
2009 Conférence pour doctorants, Université de Neuchâtel, Suisse (1 heure). « Inférence des processus démographiques à partir de la diversité génétique chez l'homme ». Effectué en anglais.
2009 Cours et travaux pratiques sur ordinateur « Analyse à deux générations des flux polliniques à travers un paysage » pour doctorants et scientifiques financés par le Réseau Européen d'Excellence EVOLTREE. Université de Bydgoszcz, Pologne (6 heures). Effectué en anglais.
2009 Conférence pour doctorants, Université de Sendai, Japon (1 heure). « Inférence de processus démographiques à partir de la diversité génétique en utilisant des méthodes fondées sur la coalescence chez l'homme ». Effectué en anglais.
2008–2013 Cours pour doctorants au MNHN. Module sur le barcode ADN. Conférence sur la comparaison entre les méthodes disponibles pour le DNA barcoding. (3 heures/an). Effectué en anglais.
2006–2009 Cours européens ERAMUS « Mathématiques en biologie végétale » pour doctorants Cours et travaux pratiques informatiques en modélisation génétique des populations (3 heures). Effectué en anglais.
2005–2008 Génétique des populations. Méthodes de détection de l'adaptation à partir de données de génétique des populations. Master 2ème année « Génétique Multifactorielle » (3h/an).
2002–2006 Génétique des populations (3h/an) à l'Institut National Agronomique Paris-Grignon (1ère année). Théorie de la coalescence.
1997–2003 Génétique des populations (3h/an) au master Biodiversité, Génétique et Évolution (Universités Paris VI, VII, XI, I.N.A.-P.G., M.N.H.N.). Théorie de la coalescence.
1996-1998 Génétique des populations à l'E.N.G.R.E.F. (1ère année) Bases et théorie de la coalescence (3 à 6 heures/an).
1995–1996 Informatique pour les étudiants de licence à l'Université Paris-Sud, Orsay. 24 heures/an.
Publications
2021
- , 2021 — Sharing and reporting benefits from biodiversity research. Molecular Ecology. Vol. 30, n° 5, p. 1103-1107. Type: Journal Article.ISSN:0962-1083
- , 2021 — Polygenic adaptation: Integrating population genetics and gene regulatory networks. Trends in Genetics. Vol. 37, n° 7, p. 631-638. Type: Journal Article.ISSN:0168-9525
- , 2021 — No evidence for female kin association, indications for extragroup paternity, and sex-biased dispersal patterns in wild western gorillas. Ecology and Evolution. Vol. 11, n° 12, p. 7634-7646. Type: Journal Article.ISSN:2045-7758
2020
- , Août 2020 — Sahelian pastoralism from the perspective of variants associated with lactase persistence.. American Journal of Physical Anthropology. E24116.
- , Mars 2020 — New Insights on Spatial Genetic Structure and Diversity of Coffea Canephora (Rubiaceae) in Upper Guinea Based on Old Herbaria. Plant Ecology and Evolution. Vol. 153, n° 1, p. 82-100.
2019
- , Juillet 2019 — An ABC Method for Whole-Genome Sequence Data: Inferring Paleolithic and Neolithic Human Expansions. Molecular Biology and Evolution. Vol. 36, n° 7, p. 1565-1579.ISSN:0737-4038
- , Juillet 2019 — The Genetic Architecture of Chronic Mountain Sickness in Peru. Frontiers in Genetics. Vol. 10, p. 690.ISSN:1664-8021
- , Juillet 2019 — Xeroderma Pigmentosum in South Africa: Evidence for A Prevalent Founder Effect. British Journal of Dermatology. Vol. 181, n° 5, p. 1070-1072.ISSN:0007-0963
- , 2019 — An Evaluation of The Methods To Estimate Effective Population Size from Measures of Linkage Disequilibrium. Journal of Evolutionary Biology. Vol. 32, n° 3, p. 267-277.
2018
- , Décembre 2018 — Cryptic Biological Invasions: a General Model of Hybridization. Scientific Reports. Vol. 8, n° 1.